Matter 通訊協議層是基於互聯網協定(IP)。除配對/Commissioning步驟之外，其他所有步驟都是基於IP進行的。由於 IP運行於許多不同類型的協定上，所以設備無需擔心資訊該如何送達智慧音箱或其他設備。資訊只需被傳送至某個IP位址，即可到達預期的目的地。因此，即便智慧音箱不知道Thread協議，但窗戶感測器知道並發出非法闖入預警資訊時，它們也能有默契地配合在一起。即便是群播資訊，也能抵達所有預定的接收設備。群播資訊也能發送至家中的其他接收設備，以便采取進一步行動，如觸發警報、開燈或報警。

基於 IP 通訊的另一個優勢在於 IP 協議的普遍適用性。可以使用IP的底層協定包括：數位用戶線路(DSL)、有線資料傳輸業務介面規範(DOCSIS)、蜂巢式網路、乙太網、Wi-Fi、Thread、IEEE 802.15.4、用於低功耗藍牙(BLE)的IPv6。而隨著越來越多新協議的制定，可供選擇的通訊方式也不斷增加。

圖：Matter標準中的應用和網路協議層及基於IPv6的通訊協定。

在協議堆疊的頂（應用）層，包含有與某個設備有關的所有資訊。如果這個設備是溫度感測器，則頂層就是設定溫度值的地方。該應用層包含不同類型的設備（如窗戶感測器、溫控器、門鎖、咖啡機等）的不同基本資訊。打開或關閉等指令即在該層發出。

接下來是資料模型結構。這就是應用資料的結構，主要是名詞及其定義。然後是交互模型層定義動作型態，即資料模型層專案所執行的動作，如調整調光等級，或預選調光等級，以便有任何變化時，調光等級可以更新。動作框架層是利用一串bit字元（位元組）來描述這些動作如何被放到網路上。安全層級為所有層提供加密、簽名和驗證及保密和保護。然後資訊即進入框架層，並根據IP協定在網路上傳輸。傳輸管理層確保發出的資訊成功到達目的地。如果沒有到達，資訊會被重新發送直至收到確認。

圖: Matter標準中的分層結構，以及每層的職責。

要防止駭客發起諸如Mirai之類的阻斷服務(DoS)攻擊，確保智慧家居安全性至關重要。消費者知道可能遭遇這些非法訪問攻擊，並意識到智慧家居設備存在安全隱患。這些顧慮會大大阻礙智慧家居的普及應用。

為了解決安全問題，Matter包含了許多保護要素。首先是確認要加入網路的實體設備是來 自正規而非冒牌供應商。由於消費者在智慧家居中經常使用無線網路，因此必須防止竊聽。

另一個威脅是防止資料在空中被截取或設備上被操縱。通過設置存取權限，可防止無許可權的人訪問監控攝影機和其他重要設備。最後，韌體升級對於確保系統安全至關重要，因此必須安全地安裝這些韌體，同時避免來自惡意軟體的非法更新。