電子病歷交換發展面臨的障礙
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電子病歷交換的主要願景，就是希望能提供給病患無縫的醫療照護。但由於台灣交通日趨便利，民眾就醫可近性高，即使是遠在高雄地區的病患，都可以利用高鐵當天來回台北就醫，也導致病歷資料極有可能分散在不同的醫療單位中，造成重複檢驗、檢查及用藥等醫療資源耗費。
因此，透過實施電子病歷交換，才能讓醫療資源得以有效利用，避免不必要的醫療資源浪費。同時，醫師因為可以迅速取得病患完整的就醫處置、家族病史、藥物過敏等資訊，更可提供更全面性的診斷與醫療決策，降低醫療疏失可能導致的風險。病患也可擁有跨醫院調閱資訊的便利，還可整合保險理賠及流行病學統計、調查分析等功能，提升國家整體醫療品質。
但台灣HL7協會理事長顏志展指出，電子病歷牽涉到軟、硬體系統整合、管理、服務、個資等面向，推動過程可說是困難重重，即使台灣因為擁有多年的健保資訊化推動經驗，醫療資訊基礎建設堪稱完備，電子病歷看似只是水到渠成的工作，眼前仍有許多障礙必須一一突破，才能讓電子病歷交換得以落實。
電子病歷建置初期成本高
儘管使用電子病歷交換的醫療院所愈來愈多，但從紙本作業過渡到電子作業過程，不見得就能馬上看到使用的便利與開銷上的節省。甚至在這個過渡階段，還可能造成許多醫護人員及病患的不便。
以美國為例，儘管美國疾病控制和預防中心(Centers for Disease Control and Prevention；CDC)數據顯示，2013年已有78%的診所，表示已在使用某種形式的電子病歷，遠遠高於2001年的18%，但電子病歷系統仍為醫生帶來更多的事務性負擔，擠壓他們給患者看病和治療的時間。需要找好幾位醫生看病的患者，仍然需要索取紙本的檢驗報告，而電子病歷也並沒有杜絕可能威脅患者健康的記錄錯誤問題。
市場研究公司IHS Technology的醫療業分析師Roeen Roashan估計，一家約有200張床位的醫院所需要的電子病歷系統，第一年需要花費500萬到1,000萬美元，對任何規模的醫院而言，都是一筆昂貴的投資，也導致許多醫療院所至今仍相當依賴紙本作業。
要加速中小型醫療院所加入電子病歷交換計畫，勢必得仰賴政府補助。但攸關電子病歷交換的「加速醫療院所實施電子病歷計畫」的預算，卻大幅刪減到只有原規劃的17.4%，政府推動起來自然困難重重。
說服醫生改變工作方式挑戰多
另一個挑戰，則是來自醫生的工作方式，讓電子病歷交換過程，並不能許多人想像的一樣，可以讓醫生即時取得患者的訊息。因為醫生在撰寫診斷報告或病例時，往往可能會臨時做出各種不同的判斷，而電子病歷交換系統的資料分類及整理的規則，卻未必能夠及時配合。
如美國醫學會雜志(Journal of the American Medical Association)在2013年1月所刊登的一項研究報告就指出，醫生在解釋患者對食品或藥物的反應時，有些醫生會將病患的過敏症狀歸類為「副作用」，但也會有醫生將其歸類到其他的項目。報告指出，即使有了電子病歷交換系統，醫療機構之間一旦缺乏協調，仍會導致重復檢查和治療，而這正是電子病歷交換系統必須努力避免發生的問題。
為了消除溝通障礙，儘快讓醫療資訊交換標準如HL7，能夠廣泛用於所有的醫療院所，成為當務之急。但也唯有在更多醫療機構開始使用電子病歷之後，才能夠了解到這些標準究竟能發揮多大作用。因此，電子病歷交換系統不只是導入而已，衛生主管機關還應該負起責任，定期追蹤交換系統是否能夠解決溝通障礙的問題。
醫生的抗拒心理也是一大問題。美國內科醫師學會(American College of Physicians)和已經啟用電子病歷系統的醫療機構會員組織AmericanEHR Partners在2013年調查發現，使用電子病歷的醫生中，有34%的人對該系統減輕工作負擔的能力很不滿意，比例遠高於2010年的19%。
更有32%的醫生表示，他們的工作效率在推廣電子病歷系統之後，反而無法再恢復到正常水平，比例高於2010年的20%。表示自己不會向同事推薦電子病歷的醫生比例，也由2010年的24%上升到39%。
醫生們表示，電子病歷系統加重了他們的事務性負擔，而且花在解決電腦問題的時間，往往也會排擠他們看病的時間，連帶造成病患的抱怨，覺得自己沒有足夠的時間與醫生面對面交流。
西北大學(Northwestern University)於2013年12月在國際醫學資訊科學雜誌(International Journal of Medical Informatics)上發表一項研究，醫生在接觸患者時，查閱電子病歷的醫生有三分之一左右的時間，是在看電腦螢幕，而不是與病人交談。
論文的第一作者，西北大學醫學和工程學助理教授Enid Montague指出，如果交談的時間變短了，對於建立醫患信任以及幫助醫生發現或暗示健康問題，可能會形成障礙。
所幸這項研究並未發現醫生在檢查時會跳過任何步驟。有一些醫生也開始在探索新的使用方式，能在不疏遠患者的前提下，引入電子病歷。如已有醫生嘗試使用輸入及顯示更為便利的科技產品，如穿戴式產品就可能是解決醫生使用電子病歷交換系統問題的關鍵。
避免出錯洩密機制不可少
許多醫療行為數位化後，固然可能會讓醫生工作更為輕鬆，只要輕輕點擊幾下滑鼠，就可以做出診斷說明和開立處方。但這種便利也可能讓醫生更容易出錯，尤其是使用複製貼上功能的醫生，更容易在患者病歷中輸入錯誤資訊，因為醫生也許只是想複製病歷記錄的一部分，卻可能複製到足以改變整個治療方案的資訊。
為了避免發生錯誤，許多電子病歷交換系統，往往會增加許多身分識別的管理機制，甚至有一些醫院會對醫生可同時打開的患者病歷數量進行管制，或者要求醫生在輸入完成前，必須先輸入另一項資訊，如患者的姓名首字母。
但這些管理機制，某種程度也會影響電子病歷交換系統的便利性。而隨時隨地冒出的警告更新訊息，也可能會讓醫生錯過重要資訊，醫生也可能根本完全忽視那些更新警告的訊息。
如何讓電子病歷交換系統顯示真正有意義的警告訊息，不僅是系統設計者的責任，更是推廣應用時的教育重點，如果醫生不願意配合系統指示操作，電子病歷交換系統的推動工作，勢必會困難重重。
但最讓人擔心的，莫過於電子病歷交換系統，是否經得起即使是聘用數百名安全專家的大型零售商，都很難抵禦的駭客攻擊。這些駭客既然以竊取電子記錄為目標，醫療院所的電子病歷，自然也會成為這些駭客覬覦的目標。
根據長期關注消費者隱私的非營利組織Privacy Rights Clearinghouse追蹤的案例顯示，美國診所和其他醫療機構在2013年遭遇了276起資料外洩事件，較2012年增加24%，值得注意的是，當時美國的資料外洩事件數量，總體而言卻是呈現下降趨勢。
但值得注意的是，並非所有的病歷資料都是透過網路才會洩漏。網路犯罪諮詢公司HackSurfe報告顯示，2009年以來，83%的病歷泄露事件其實是因為實體設備被盜或丟失所導致。
HackSurfer聯合創始人兼首席架構師Jason Polancich指出，診所和醫院應該要優先防範所謂的「內部威脅」，也就是要注意內部人員是否會竊取醫療紀錄，或是將敏感資訊賣給身分盜竊者，因為電子病歷可以讓人可以在更不容易被發覺的情況下，竊取更多的數據。
醫院和醫生應該要透過加強員工背景調查、身分認證、登錄及使用權限及文件加密等資安設計，設法避免有心人士存取或傳輸患者病歷，才能讓各界對於電子病歷交換系統有足夠的信心。
